Francisco J. Alfaro-Cortés es desde noviembre de 2020 Catedrático de Universidad en el Departamento de Sistemas Informáticos de la Universidad de Castilla-La Mancha donde antes fue Titular de Universidad durante 12 años. Antes de esto fue durante dos años Ayudante de Escuela en el Departamento de Ingeniería y Tecnología de Computadores de la Universidad de Murcia desde donde se trasladó a su actual universidad donde ha pasado por las figuras de Ayudante de Escuela, Asociado N3, Contratado Doctor y Titular de Universidad. En Murcia daba clase de varias asignaturas relacionadas con redes de interconexión y en su actual departamento ha sido profesor de varias asignaturas relacionadas con la arquitectura del computadores: diseño de la ruta de datos, segmentación, jerarquía de memoria, diseño de sistemas basados en microcontrolador, etc.

Ha publicado treinta artículos de investigación en revistas indexadas en el JCR y más de 70 comunicaciones en conferencias internacionales. Ha sido miembro del comité de programa de 8 conferencias y workshops: Applied Computing (2004 y 2005), International Network Architectures: On-Chip, Multi-Chip (INA-OCMC) (2008), Communication Architecture for Clusters (CAC) (2008, 2009 y 2010), International Conference on Parallel Processing (ICPP) en el subgrupo de Cluster Computing (2008 y 2010), Workshop for HyperTransport Research and Applications (WHTRA) (2009 y 2011). Ha revisado artículos para varias revistas indexadas: IEEE Journal of Parallel and Distributed Computing (JPDC) en 2003, 2005 y 2006, IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems (TPDS) en 2004, 2008 y 2009, IEEE Transactions on Computers en 2000, 2007 y 2008, y Elsevier Parallel Computing: Systems & Applications (PARCO) en 2007.

Ha codirigido cinco tesis doctorales, en 2007 las de Raúl Martínez-Moráis (actualmente en Amazon Labs en California) y Alejandro Martínez-Vicente (actualmente en ARM Cambridge), en 2012 la de Juan Antonio Villar Ortiz, en 2013 la de Francisco Triviño García (actulamente en Red Hat) y en 1015 la de Francisco José Andújar Muñoz (actualmente en la Universidad de Valladolid). Actualmente está supervisando la tesis doctoral de otros 2 estudiantes de doctorado. También ha supervisado 22  Trabajos Fin de Estudios tanto en temas de investigación como desarrollando herramientas de simulación destinadas al ámbito docente.

Sus principales temas de investigación son: